ويستخدم برنامج "جامعة الشرق الأوسط الافتراضية" منهجا تعليمياً يطلق عليه اسم  Edugaming. ويقوم هذا المنهج على تدريس مواد أكاديمية رفيعة المستوى بأسلوب تجريبيتفاعلي فريد من نوعه. ومجاراة لتلفزيون الواقع، ينخرط الطلاب من خلال هذا البرنامج في انجاز التكليفات والواجبات العلمية المشوقة ذات الإيقاع السريع. وتوكل هذه المهام إلى الطلاب ليتم انجازها من خلال الدراسة الذاتية للوحدات الدراسية كما يتم تكليفهم القيام بالأنشطة البدنية. ويقوم الطلاب بانجاز تلك المهمات بشكل مستقل وفي نفس الوقت وأينما وجدوا. وفي أثناء انجاز هذه التكليفات وبعد الانتهاء منها، ينطلق الطلاب كل من مكان تواجده في النقاشات الفكرية عبر غرف الدردشة والرسائل النصية للهاتف المحمول والماسنجر وغيرها من الوسائط التكنولوجية المتعددة. ويقوم محاضرون لطلاب الدراسات العليا من العرب والفلسطينيين واليهود بالإشراف على ما يدور من مناقشات كما يعملون معا على أساس مستمر لتطوير هذا البرنامج وخطط المحاضرات. ويتواصل المشاركون من مختلف الخلفيات باللغة الانجليزية مما يؤدي ليس فقط إلى تحسين مستواهم في اللغة فحسب بل ويعمل أيضا على خلق نوع من التوازن بين المشاركين الذين لا يستخدمون نفس اللغة أصلا.

وقد تم إطلاق برنامج تجريبي للأنشطة الواقعية في شهر آب / أغسطس 2005 في إطار برنامج "جامعة الشرق الوسط الافتراضية حيث شارك طلاب المدارس الثانوية وطلاب جامعات فلسطينية وإسرائيلية وهولنديه في إجراء تجارب في علم الفلك والكيمياء في وقت واحد ومن مواقع منفصلة اعقبها مناقشة مباشرة على الانترنت. ويتعاون مركز بيرس للسلام حاليا مع جامعة تل ابيب لاطلاق برنامج بعيد المدى "لجامعة الشرق الاوسط الافتراضية" كما يضعان الخطط المستقبلية التي تتوخى مشاركة طلاب من جميع انحاء الشرق الاوسط.